Dopo aver terminato un lungo discorso all'università Gregoriana, Papa Francesco, trovandosi in pieno centro storico, è andato a salutare Emma Bonino a casa. Intercettato fuori dalla casa della leader radicale il Papa si è limitato a dire che l'ha trovata bene. Si è trattato di una breve visita di cortesia dopo i gravi problemi di salute che ha avuto. La Bonino è una persona che Francesco stima apertamente per l'impegno verso i migranti e gli ultimi, e del resto sono stati diversi gli incontri che ci sono stati in Vaticano in questi anni a testimoniare questo rapporto.
Nel febbraio del 2016 Papa Francesco incluse Bonino «tra i grandi dell'Italia di oggi».
In questo elenco c'era l'ex Presidente della Repubblica Giorgio Napolitano e anche, tra i «grandi dimenticati», l'allora sindaco di Lampedusa, Giusi Nicolini. Secondo Francesco Emma Bonino «ha offerto il miglior servizio all'Italia per conoscere l'Africa». Naturalmente le posizioni abortiste della leader radicale non hanno mai impedito che tra lei e il pontefice si potesse sviluppare un rapporto di amicizia proprio sui temi di interesse comune che vertono principalmente sulla gestione delle migrazioni e sulla questione dei carcerati.
Anche quando Emma Bonino fu operata di tumore ricevette l'incoraggiamento di Papa Francesco. Lo raccontò lei stessa ai microfoni di Radio Radicale. «Mi disse al telefono di tenere duro, cosa che ovviamente sto facendo con tutte le mie forze. E poi mi ha detto che l'erba cattiva non muore mai. Mia mamma mi diceva che sono una erba resistente, ma non cattiva». Anche in quella occasione il colloquio finì per virare sulla questione migratoria e l'ennesima tragedia del mare.